Descripción
Project Overview
The project aims to investigate species diversity and variety from a citizen science perspective (more of a random character, i.e., not a strictly scientific research character).
Project Goals
- Investigate species diversity and variety on a larger scale (>1,000 samples)
- Give sequences a "face" = metadata such as environmental data, field images, etc.
- Provide tools for species identification
- Use DNA barcoding of the ITS region
- Be cost-effective
- Be methodologically feasible from fruiting body to analyzed sequence
- Disseminate knowledge about the method
Dataset Description
The dataset contains DNA-barcoded samples of fungal fruiting bodies collected in Sweden. The collection has been mostly random and the selection has primarily been based on the collector's own interest. Collectors are mainly amateur mycologists. Barcoding has been performed on the ITS region and parts of the SSU and LSU regions. Additional observational metadata such as coordinates, images, and environmental descriptions are linked to the Swedish Observation System for each respective sample.This dataset was published via the SBDI ASV portal.
Registros
Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 316 registros.
también existen 2 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.
Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.
Versiones
La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.
¿Cómo referenciar?
Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:
Fritzson P, Bråvander B (2025). Fungal Diversity Survey Sweden ITS-LSU rDNA. Version 1.1. Biology Section, Uppsala University. Occurrence dataset. https://www.gbif.se/ipt/resource?r=fdss_its-lsu&v=1.1
Derechos
Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:
El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es Biology Section, Uppsala University. En la medida de lo posible según la ley, el publicador ha renunciado a todos los derechos sobre estos datos y los ha dedicado al Dominio público (CC0 1.0). Los usuarios pueden copiar, modificar, distribuir y utilizar la obra, incluso con fines comerciales, sin restricciones.
Registro GBIF
Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 7510f2e6-ebd2-414e-b91d-7e9c8b673655. Biology Section, Uppsala University publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por GBIF Sweden.
Palabras clave
Occurrence; Observation
Contactos
- Originador ●
- Punto De Contacto
- Originador ●
- Punto De Contacto
- Punto De Contacto
- Associate Professor
- Evolutionsbiologiskt centrum, Norbyvägen 18D
- +46184716444
Cobertura geográfica
Sweden
| Coordenadas límite | Latitud Mínima Longitud Mínima [57,843, 14,819], Latitud Máxima Longitud Máxima [67,956, 23,25] |
|---|
Cobertura taxonómica
All fungi samples identified to genus or species
| Reino | Fungi |
|---|---|
| Filo | Ascomycota, Basidiomycota |
| Class | Eurotiomycetes, Geoglossomycetes, Agaricomycetes, Pezizomycetes |
| Orden | Pezizales, Polyporales, Eurotiales, Hymenochaetales, Russulales, Thelephorales, Geoglossales, Boletales, Agaricales, Cantharellales, Gomphales |
| Familia | Rhizopogonaceae, Tricholomataceae, Russulaceae, Auriscalpiaceae, Entolomataceae, Pluteaceae, Gomphaceae, Lycoperdaceae, Suillaceae, Hydnaceae, Mycenaceae, Physalacriaceae, Amanitaceae, Strophariaceae, Geoglossaceae, Psathyrellaceae, Steccherinaceae, Polyporaceae, Bankeraceae, Elaphomycetaceae, Omphalotaceae, Stereaceae, Clavariaceae, Pyronemataceae, Cortinariaceae, Inocybaceae, Schizoporaceae, Hymenogastraceae, Agaricales_fam_Incertae_sedis, Fomitopsidaceae, Bolbitiaceae, Pterulaceae, Lyophyllaceae, Hygrophoraceae |
Cobertura temporal
| Fecha Inicial / Fecha Final | 2023-04-03 / 2024-02-01 |
|---|
Datos del proyecto
No hay descripción disponible
| Título | Fungal Diversity Survey Sweden |
|---|
Personas asociadas al proyecto:
- Originador
- Originador
Métodos de muestreo
The collection of fruiting bodies has been conducted randomly based on the collector's own interest and knowledge. Both known and unknown species to the collector have been gathered. All fruiting bodies have been dried using a mushroom dryer at a maximum of 35 degrees Celsius and then stored dry and dark in paper envelopes or zip bags. Subsequent handling is described in detail in protocol: https://www.protocols.io/view/uppsala-fungal-barcoding-using-ont-dna-extraction-n2bvj3mbblk5/v1
| Área de Estudio | Collection of fungi, mainly basidiomycetes, within Sweden and primarily in the Uppland province. |
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Descripción de la metodología paso a paso:
- Step 1: From collection of fruitbodies to a barcoded sequence https://www.protocols.io/view/uppsala-fungal-barcoding-using-ont-dna-extraction-n2bvj3mbblk5/v1 Step 2: Bioinformatics. Raw reads to consensus sequencies https://github.com/Rosling-lab/ont_barcoding Step 3: Consensus sequencies analysis and database reporting Comming article xxxxx Databases: Swedish Speicies Observation System (Artportalen), GenBank, ENA, ASV
Metadatos adicionales
| Agradecimientos | Uppsala University/Evolutionary Biology Centre (EBC) Anna Rosling, Brendan Furneaux, Sara Mehrabi, Ioana Onut Brännström, David Manyara , Karl Soler Kinnerbäck Swedish University of Agricultural Sciences (SLU)/Artdatabanken Elisabet Ottosson Umeå University/NBIS, Jeanette Tångrot |
|---|---|
| Identificadores alternativos | 7510f2e6-ebd2-414e-b91d-7e9c8b673655 |
| https://www.gbif.se/ipt/resource?r=fdss_its-lsu |