Fungal Diversity Survey Sweden ITS-LSU rDNA

Registro biológico Observación
Última versión publicado por Biology Section, Uppsala University el feb 19, 2026 Biology Section, Uppsala University
Fecha de publicación:
19 de febrero de 2026
Licencia:
CC0 1.0

Descargue la última versión de los datos como un Archivo Darwin Core (DwC-A) o los metadatos como EML o RTF:

Datos como un archivo DwC-A descargar 316 registros en Inglés (122 KB) - Frecuencia de actualización: no planeado
Metadatos como un archivo EML descargar en Inglés (22 KB)
Metadatos como un archivo RTF descargar en Inglés (11 KB)

Descripción

Project OverviewThe project aims to investigate species diversity and variety from a citizen science perspective (more of a random character, i.e., not a strictly scientific research character).Project GoalsInvestigate species diversity and variety on a larger scale (>1,000 samples)Give sequences a "face" = metadata such as environmental data, field images, etc.Provide tools for species identificationUse DNA barcoding of the ITS regionBe cost-effectiveBe methodologically feasible from fruiting body to analyzed sequenceDisseminate knowledge about the methodDataset DescriptionThe dataset contains DNA-barcoded samples of fungal fruiting bodies collected in Sweden. The collection has been mostly random and the selection has primarily been based on the collector's own interest. Collectors are mainly amateur mycologists. Barcoding has been performed on the ITS region and parts of the SSU and LSU regions. Additional observational metadata such as coordinates, images, and environmental descriptions are linked to the Swedish Observation System for each respective sample.This dataset was published via the SBDI ASV portal.

Registros

Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 316 registros.

también existen 2 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.

Occurrence (core)
316
dnaDerivedData 
316
ExtendedMeasurementOrFact 
316

Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

Fritzson P, Bråvander B (2026). Fungal Diversity Survey Sweden ITS-LSU rDNA. Version 1.2. Biology Section, Uppsala University. Occurrence dataset. https://www.gbif.se/ipt/resource?r=fdss_its-lsu&v=1.2

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es Biology Section, Uppsala University. En la medida de lo posible según la ley, el publicador ha renunciado a todos los derechos sobre estos datos y los ha dedicado al Dominio público (CC0 1.0). Los usuarios pueden copiar, modificar, distribuir y utilizar la obra, incluso con fines comerciales, sin restricciones.

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 7510f2e6-ebd2-414e-b91d-7e9c8b673655.  Biology Section, Uppsala University publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por GBIF Sweden.

Palabras clave

Occurrence; Observation

Contactos

Patrick Fritzson
  • Originador ●
  • Punto De Contacto
Uppsala Svampklubb
SE-743 40 Uppsala
SE
Björn Bråvander
  • Originador ●
  • Punto De Contacto
Uppsala Svampklubb
SE-756 43 Uppsala
SE
Anna Rosling
  • Punto De Contacto
  • Associate Professor
Department of Ecology and Genetics, Uppsala University
  • Evolutionsbiologiskt centrum, Norbyvägen 18D
752 36 Uppsala
SE
  • +46184716444

Cobertura geográfica

Sweden

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [57,843, 14,819], Latitud Máxima Longitud Máxima [67,956, 23,25]

Cobertura taxonómica

All fungi samples identified to genus or species

Reino Fungi
Filo Ascomycota, Basidiomycota
Class Geoglossomycetes, Agaricomycetes, Pezizomycetes, Leotiomycetes
Orden Pezizales, Polyporales, Hymenochaetales, Russulales, Thelephorales, Leotiales, Geoglossales, Boletales, Agaricales, Cantharellales, Gomphales
Familia Rhizopogonaceae, Tricholomataceae, Russulaceae, Auriscalpiaceae, Entolomataceae, Pluteaceae, Gomphaceae, Lycoperdaceae, Suillaceae, Mycenaceae, Physalacriaceae, Amanitaceae, Tubariaceae, Strophariaceae, Geoglossaceae, Psathyrellaceae, Steccherinaceae, Pleurotaceae, Oxyporaceae, Polyporaceae, Bankeraceae, Hymenochaetales_fam_Incertae_sedis, Omphalotaceae, Stereaceae, Clavariaceae, Pyronemataceae, Leotiaceae, Cortinariaceae, Inocybaceae, Hymenogastraceae, Agaricales_fam_Incertae_sedis, Fomitopsidaceae, Bolbitiaceae, Pterulaceae, Lyophyllaceae, Hygrophoraceae

Cobertura temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 2023-04-03 / 2024-02-01

Datos del proyecto

No hay descripción disponible

Título Fungal Diversity Survey Sweden

Personas asociadas al proyecto:

Patrick Fritzson
  • Originador
Björn Bråvander
  • Originador

Métodos de muestreo

The collection of fruiting bodies has been conducted randomly based on the collector's own interest and knowledge. Both known and unknown species to the collector have been gathered. All fruiting bodies have been dried using a mushroom dryer at a maximum of 35 degrees Celsius and then stored dry and dark in paper envelopes or zip bags. Subsequent handling is described in detail in protocol: https://www.protocols.io/view/uppsala-fungal-barcoding-using-ont-dna-extraction-n2bvj3mbblk5/v1

Área de Estudio Collection of fungi, mainly basidiomycetes, within Sweden and primarily in the Uppland province.

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. Step 1: From collection of fruitbodies to a barcoded sequence https://www.protocols.io/view/uppsala-fungal-barcoding-using-ont-dna-extraction-n2bvj3mbblk5/v1 Step 2: Bioinformatics. Raw reads to consensus sequencies https://github.com/Rosling-lab/ont_barcoding Step 3: Consensus sequencies analysis and database reporting Comming article xxxxx Databases: Swedish Speicies Observation System (Artportalen), GenBank, ENA, ASV

Metadatos adicionales

Agradecimientos
Identificadores alternativos 7510f2e6-ebd2-414e-b91d-7e9c8b673655
https://www.gbif.se/ipt/resource?r=fdss_its-lsu