Описание
Project Overview
The project aims to investigate species diversity and variety from a citizen science perspective (more of a random character, i.e., not a strictly scientific research character).
Project Goals
- Investigate species diversity and variety on a larger scale (>1,000 samples)
- Give sequences a "face" = metadata such as environmental data, field images, etc.
- Provide tools for species identification
- Use DNA barcoding of the ITS region
- Be cost-effective
- Be methodologically feasible from fruiting body to analyzed sequence
- Disseminate knowledge about the method
Dataset Description
The dataset contains DNA-barcoded samples of fungal fruiting bodies collected in Sweden. The collection has been mostly random and the selection has primarily been based on the collector's own interest. Collectors are mainly amateur mycologists. Barcoding has been performed on the ITS region and parts of the SSU and LSU regions. Additional observational metadata such as coordinates, images, and environmental descriptions are linked to the Swedish Observation System for each respective sample.This dataset was published via the SBDI ASV portal.
Записи данных
Данные этого occurrence ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 316 записей.
Также в наличии 2 таблиц с данными расширений. Записи расширений содержат дополнительную информацию об основной записи. Число записей в каждой таблице данных расширения показано ниже.
Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. В таблице версий перечислены другие версии ресурса, которые были доступны публично, что позволяет отслеживать изменения, внесенные в ресурс с течением времени.
Версии
В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.
Как оформить ссылку
Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:
Fritzson P, Bråvander B (2025). Fungal Diversity Survey Sweden ITS-LSU rDNA. Version 1.1. Biology Section, Uppsala University. Occurrence dataset. https://www.gbif.se/ipt/resource?r=fdss_its-lsu&v=1.1
Права
Исследователи должны соблюдать следующие права:
Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является Biology Section, Uppsala University. Насколько это возможно по закону, издатель отказался от всех прав на эти данные и посвятил их Public Domain (CC0 1.0). Пользователи могут без ограничений копировать, изменять, распространять и использовать работу, в том числе в коммерческих целях.
Регистрация в GBIF
Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 7510f2e6-ebd2-414e-b91d-7e9c8b673655. Biology Section, Uppsala University отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке GBIF Sweden.
Ключевые слова
Occurrence; Observation
Контакты
- Originator ●
- Point Of Contact
- Originator ●
- Point Of Contact
- Point Of Contact
- Associate Professor
- Evolutionsbiologiskt centrum, Norbyvägen 18D
- +46184716444
Географический охват
Sweden
| Ограничивающие координаты | Юг Запад [57,843, 14,819], Север Восток [67,956, 23,25] |
|---|
Таксономический охват
All fungi samples identified to genus or species
| Kingdom | Fungi |
|---|---|
| Phylum | Ascomycota, Basidiomycota |
| Class | Eurotiomycetes, Geoglossomycetes, Agaricomycetes, Pezizomycetes |
| Order | Pezizales, Polyporales, Eurotiales, Hymenochaetales, Russulales, Thelephorales, Geoglossales, Boletales, Agaricales, Cantharellales, Gomphales |
| Family | Rhizopogonaceae, Tricholomataceae, Russulaceae, Auriscalpiaceae, Entolomataceae, Pluteaceae, Gomphaceae, Lycoperdaceae, Suillaceae, Hydnaceae, Mycenaceae, Physalacriaceae, Amanitaceae, Strophariaceae, Geoglossaceae, Psathyrellaceae, Steccherinaceae, Polyporaceae, Bankeraceae, Elaphomycetaceae, Omphalotaceae, Stereaceae, Clavariaceae, Pyronemataceae, Cortinariaceae, Inocybaceae, Schizoporaceae, Hymenogastraceae, Agaricales_fam_Incertae_sedis, Fomitopsidaceae, Bolbitiaceae, Pterulaceae, Lyophyllaceae, Hygrophoraceae |
Временной охват
| Дата начала / Дата окончания | 2023-04-03 / 2024-02-01 |
|---|
Данные проекта
Описание отсутсвует
| Название | Fungal Diversity Survey Sweden |
|---|
Исполнители проекта:
- Originator
- Originator
Методы сбора
The collection of fruiting bodies has been conducted randomly based on the collector's own interest and knowledge. Both known and unknown species to the collector have been gathered. All fruiting bodies have been dried using a mushroom dryer at a maximum of 35 degrees Celsius and then stored dry and dark in paper envelopes or zip bags. Subsequent handling is described in detail in protocol: https://www.protocols.io/view/uppsala-fungal-barcoding-using-ont-dna-extraction-n2bvj3mbblk5/v1
| Охват исследования | Collection of fungi, mainly basidiomycetes, within Sweden and primarily in the Uppland province. |
|---|
Описание этапа методики:
- Step 1: From collection of fruitbodies to a barcoded sequence https://www.protocols.io/view/uppsala-fungal-barcoding-using-ont-dna-extraction-n2bvj3mbblk5/v1 Step 2: Bioinformatics. Raw reads to consensus sequencies https://github.com/Rosling-lab/ont_barcoding Step 3: Consensus sequencies analysis and database reporting Comming article xxxxx Databases: Swedish Speicies Observation System (Artportalen), GenBank, ENA, ASV
Дополнительные метаданные
| Благодарности | Uppsala University/Evolutionary Biology Centre (EBC) Anna Rosling, Brendan Furneaux, Sara Mehrabi, Ioana Onut Brännström, David Manyara , Karl Soler Kinnerbäck Swedish University of Agricultural Sciences (SLU)/Artdatabanken Elisabet Ottosson Umeå University/NBIS, Jeanette Tångrot |
|---|---|
| Альтернативные идентификаторы | 7510f2e6-ebd2-414e-b91d-7e9c8b673655 |
| https://www.gbif.se/ipt/resource?r=fdss_its-lsu |