COI data from: Invasive species detection along coastal harbours in northern region of Vastra Gotaland 2024

Occurrence Observation
Dernière version Publié par eDNA solutions le mai 4, 2026 eDNA solutions
Date de publication:
4 mai 2026
Publié par:
eDNA solutions
Licence:
CC-BY 4.0

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Description

Environmental DNA sequence data of invasive species along the harbors in the northern regions of Vastra Gotaland. Sequence data was obtained from both water samples, and plankton samples of two sampling events, one in the summer and one in the autumn of 2024. The amplicons were amplified by COI Leray-XT primers: Wangensteen et al. 2018 and annotated against an inhouse database of invasive and non-indigenous species of Norway, Sweden and EEA created with EchoPipe: Stensrud et al. in press. The data was created for Länsstyrelsen Vastra Gotaland and financed through HaV.This dataset was published via the SBDI ASV portal.

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme dune Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant quensemble dun ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 22 015 enregistrements.

1 tableurs de données dextension existent également. Un enregistrement dextension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre denregistrements dans chaque tableur de données dextension est illustré ci-dessous.

Occurrence (noyau)
22015
dnaDerivedData 
22015

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Versions

Le tableau ci-dessous naffiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Stensrud E (2026). COI data from: Invasive species detection along coastal harbours in northern region of Vastra Gotaland 2024. Version 1.2. eDNA solutions. Occurrence dataset. https://www.gbif.se/ipt/resource?r=lstvg-hamnar_nord-2024-coi&v=1.2

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est eDNA solutions. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède lUUID GBIF suivante : 5de24e82-7d28-45e7-bc17-c8b8aad88961.  eDNA solutions publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec lapprobation du GBIF Sweden.

Mots-clé

Occurrence; eDNA; metabarocing; invasive species; alien species; NIS; Observation

Contacts

Eivind Stensrud
  • Fournisseur Des Métadonnées
  • Créateur
  • Personne De Contact
eDNA solutions AB
  • MEDICINAREGATAN 9E, Floor 4
413 90 GÖTEBORG
Västra Götaland
SE
Alexander Eiler
  • Personne De Contact
eDNA solutions AB
413 90 GÖTEBORG
Västra Götaland
SE
Johan Andersson
  • Personne De Contact
WaterCircle AB
416 64 Göteborg
Västra Götaland
SE

Couverture géographique

Water and plankton samples were collected from larger harbors in the northwest region of Västra Götaland during the summer and autumn of 2024.

Enveloppe géographique Sud Ouest [58,275, 11,164], Nord Est [58,943, 11,458]

Couverture taxonomique

N/A

Kingdom Chromista, Animalia, Plantae, Unassigned
Phylum Arthropoda, Nemertea, Myzozoa, Ctenophora, Gastrotricha, Oomycota, Echinodermata, Mollusca, Platyhelminthes, Bryozoa, Rotifera, Annelida, Chordata, Rhodophyta, Hemichordata, Porifera, Tardigrada, Nematoda, Chaetognatha, Cnidaria
Class Dinophyceae, Palaeonemertea, Clitellata, Polychaeta, Aves, Sagittoidea, Ascidiacea, Gastrotricha_X, Maxillopoda, Gastropoda, Demospongiae, Bangiophyceae, Eurotatoria, Pilidiophora, Enteropneusta, Arthropoda_X, Insecta, Gymnolaemata, Elasmobranchii, Copepoda, Echinoidea, Scyphozoa, Ophiuroidea, Malacostraca, Holothuroidea, Hydrozoa, Florideophyceae, Hoplonemertea, Chordata_X, Arachnida, Bivalvia, Mammalia, Phylactolaemata, Collembola, Anthozoa, Turbellaria, Peronosporea, Heterotardigrada, Tentaculata, Cephalopoda, Branchiopoda, Asteroidea
Order Symphypleona, Clionaida, Limnomedusae, Amphipoda, Calanoida, Polychaeta_X, Gastropoda_X, Echiniscoidea, Monostilifera, Valvatida, Cheilostomatida, Primates, Pilidiophora_X, Crassiclitellata, Plumatellida, Bdelloidea, Euphausiacea, Araneae, Gastrotricha_XX, Diptera, Suberitida, Entomobryomorpha, Mytilida, Squaliformes, Enteropneusta_X, Ostreida, Neogastropoda, Prorocentrales, Galeommatida, Phyllodocida, Forcipulatida, Venerida, Spongillida, Littorinimorpha, Eunicida, Actiniaria, Alcyonacea, Malacostraca_X, Aphragmophora, Paxillosida, Saprolegniales, Diplostraca, Pennatulacea, Leptothecata, Clupeiformes, Scyphozoa_X, Camarodonta, Dinophysiales, Nudibranchia, Heteronemertea, Decapoda, Hildenbrandiales, Gonyaulacales, Gadiformes, Harpacticoida, Phlebobranchia, Dendrochirotida, Passeriformes, Sepiida, Bangiales, Florideophyceae_X, Ceramiales, Turbellaria_X, Salmoniformes, Stolidobranchia, Spatangoida, Anthoathecata, Sabellida, Colaconematales, Lobata, Tubificida, Semaeostomeae, Nemaliales, Ophiuroidea_X, Ploima, Cephalaspidea, Perciformes, Archinemertea, Poecilosclerida, Suessiales, Acrochaetiales, Charadriiformes, Sessilia, Arthropoda_XX, Dinophyceae_X, Kentrogonida, Peronosporales, Cyclopoida, Amphilepidida, Pleuronectiformes

Couverture temporelle

Date de début / Date de fin 2024-07-10 / 2024-09-14

Données sur le projet

Pas de description disponible

Titre Invasive species detection along coastal harbours in northern region of Vastra Gotaland 2024
Financement Länsstyrelsen Västra Götaland and HaV.
Description du domaine détude / de recherche Harbors along the west coast of Västra Götaland in Sweden.

Les personnes impliquées dans le projet:

Méthodes déchantillonnage

Plankton samples were collected using an Apstein 50 plankton net with 100 μm mesh size (Hydro-Bios, Germany), by lowering the net 1-2 meters above the bottom and retrieving it at ~1 meter per second. This was done 2-3 times per sampling site until enough plankton material had been collected. The collected material was then transferred to a plankton sieve with a mesh size of 90 μm and cleaned with local seawater before being transferred to a 15 ml sterile Falcon tube. To preserve the samples, the Falcon tube was filled with 99% ethanol and stored in the refrigerator until DNA extraction. The water samples were collected using a Ruttner collector (1.7 L) where water masses from two sites were pooled. For each site, water was collected from ~1-2 meters above the bottom and surface water and mixed in a bucket that was previously sterilized with 10% chlorine, washed with ethanol and rinsed three times with local seawater before each sampling. New gloves and a new sterile 60 ml syringe were used at each site to filter between 1140 and 1800 ml of water through a PureFlo disk filter (GF/PES 5.0/0.8 μm, Saint-Gobain Filter, USA) to capture environmental DNA. The filters were then immediately frozen in a Dry Shipper cooled with liquid nitrogen (-196°C) and then stored at -20°C when returned to the laboratory until DNA extraction.

Etendue de létude Water and plankton samples were collected at suspected hotspots of introduction of invasive and NIS along the coast of Västra Götaland Sweden of 2024.

Description des étapes de la méthode:

  1. Will be published after publication of report.

Métadonnées additionnelles

Remerciements
Introduction
Objet
Identifiants alternatifs 5de24e82-7d28-45e7-bc17-c8b8aad88961
https://www.gbif.se/ipt/resource?r=lstvg-hamnar_nord-2024-coi