COI data from: Invasive species detection along coastal harbours in northern region of Vastra Gotaland 2024

Событие Наблюдение
Последняя версия опубликовано eDNA solutions мая 4, 2026 eDNA solutions
Дата публикации:
4 мая 2026 г.
Опубликовано:
eDNA solutions
Лицензия:
CC-BY 4.0

Скачайте последнюю версию данных этого ресурса в формате Darwin Core Archive (DwC-A) или метаданных ресурса в форматах EML или RTF:

Данные в формате DwC-A Скачать 22 015 Записи в English (3 MB) - Частота обновления: по мере необходимости
Метаданные в формате EML Скачать в English (46 KB)
Метаданные в формате RTF Скачать в English (14 KB)

Описание

Environmental DNA sequence data of invasive species along the harbors in the northern regions of Vastra Gotaland. Sequence data was obtained from both water samples, and plankton samples of two sampling events, one in the summer and one in the autumn of 2024. The amplicons were amplified by COI Leray-XT primers: Wangensteen et al. 2018 and annotated against an inhouse database of invasive and non-indigenous species of Norway, Sweden and EEA created with EchoPipe: Stensrud et al. in press. The data was created for Länsstyrelsen Vastra Gotaland and financed through HaV.This dataset was published via the SBDI ASV portal.

Записи данных

Данные этого находка ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 22 015 записей.

Также в наличии 1 таблиц с данными расширений. Записи расширений содержат дополнительную информацию об основной записи. Число записей в каждой таблице данных расширения показано ниже.

Occurrence (core)
22015
dnaDerivedData 
22015

Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. В таблице версий перечислены другие версии ресурса, которые были доступны публично, что позволяет отслеживать изменения, внесенные в ресурс с течением времени.

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Stensrud E (2026). COI data from: Invasive species detection along coastal harbours in northern region of Vastra Gotaland 2024. Version 1.2. eDNA solutions. Occurrence dataset. https://www.gbif.se/ipt/resource?r=lstvg-hamnar_nord-2024-coi&v=1.2

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является eDNA solutions. Эта работа находится под лицензией Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0).

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 5de24e82-7d28-45e7-bc17-c8b8aad88961.  eDNA solutions отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке GBIF Sweden.

Ключевые слова

Occurrence; eDNA; metabarocing; invasive species; alien species; NIS; Observation

Контакты

Eivind Stensrud
  • Metadata Provider ●
  • Originator ●
  • Point Of Contact
eDNA solutions AB
  • MEDICINAREGATAN 9E, Floor 4
413 90 GÖTEBORG
Västra Götaland
SE
Alexander Eiler
  • Point Of Contact
eDNA solutions AB
413 90 GÖTEBORG
Västra Götaland
SE
Johan Andersson
  • Point Of Contact
WaterCircle AB
416 64 Göteborg
Västra Götaland
SE

Географический охват

Water and plankton samples were collected from larger harbors in the northwest region of Västra Götaland during the summer and autumn of 2024.

Ограничивающие координаты Юг Запад [58,275, 11,164], Север Восток [58,943, 11,458]

Таксономический охват

N/A

Kingdom Chromista, Animalia, Plantae, Unassigned
Phylum Arthropoda, Nemertea, Myzozoa, Ctenophora, Gastrotricha, Oomycota, Echinodermata, Mollusca, Platyhelminthes, Bryozoa, Rotifera, Annelida, Chordata, Rhodophyta, Hemichordata, Porifera, Tardigrada, Nematoda, Chaetognatha, Cnidaria
Class Dinophyceae, Palaeonemertea, Clitellata, Polychaeta, Aves, Sagittoidea, Ascidiacea, Gastrotricha_X, Maxillopoda, Gastropoda, Demospongiae, Bangiophyceae, Eurotatoria, Pilidiophora, Enteropneusta, Arthropoda_X, Insecta, Gymnolaemata, Elasmobranchii, Copepoda, Echinoidea, Scyphozoa, Ophiuroidea, Malacostraca, Holothuroidea, Hydrozoa, Florideophyceae, Hoplonemertea, Chordata_X, Arachnida, Bivalvia, Mammalia, Phylactolaemata, Collembola, Anthozoa, Turbellaria, Peronosporea, Heterotardigrada, Tentaculata, Cephalopoda, Branchiopoda, Asteroidea
Order Symphypleona, Clionaida, Limnomedusae, Amphipoda, Calanoida, Polychaeta_X, Gastropoda_X, Echiniscoidea, Monostilifera, Valvatida, Cheilostomatida, Primates, Pilidiophora_X, Crassiclitellata, Plumatellida, Bdelloidea, Euphausiacea, Araneae, Gastrotricha_XX, Diptera, Suberitida, Entomobryomorpha, Mytilida, Squaliformes, Enteropneusta_X, Ostreida, Neogastropoda, Prorocentrales, Galeommatida, Phyllodocida, Forcipulatida, Venerida, Spongillida, Littorinimorpha, Eunicida, Actiniaria, Alcyonacea, Malacostraca_X, Aphragmophora, Paxillosida, Saprolegniales, Diplostraca, Pennatulacea, Leptothecata, Clupeiformes, Scyphozoa_X, Camarodonta, Dinophysiales, Nudibranchia, Heteronemertea, Decapoda, Hildenbrandiales, Gonyaulacales, Gadiformes, Harpacticoida, Phlebobranchia, Dendrochirotida, Passeriformes, Sepiida, Bangiales, Florideophyceae_X, Ceramiales, Turbellaria_X, Salmoniformes, Stolidobranchia, Spatangoida, Anthoathecata, Sabellida, Colaconematales, Lobata, Tubificida, Semaeostomeae, Nemaliales, Ophiuroidea_X, Ploima, Cephalaspidea, Perciformes, Archinemertea, Poecilosclerida, Suessiales, Acrochaetiales, Charadriiformes, Sessilia, Arthropoda_XX, Dinophyceae_X, Kentrogonida, Peronosporales, Cyclopoida, Amphilepidida, Pleuronectiformes

Временной охват

Дата начала / Дата окончания 2024-07-10 / 2024-09-14

Данные проекта

Описание отсутсвует

Название Invasive species detection along coastal harbours in northern region of Vastra Gotaland 2024
Финансирование Länsstyrelsen Västra Götaland and HaV.
Описание района исследования Harbors along the west coast of Västra Götaland in Sweden.

Исполнители проекта:

Eivind Stensrud
  • Author

Методы сбора

Plankton samples were collected using an Apstein 50 plankton net with 100 μm mesh size (Hydro-Bios, Germany), by lowering the net 1-2 meters above the bottom and retrieving it at ~1 meter per second. This was done 2-3 times per sampling site until enough plankton material had been collected. The collected material was then transferred to a plankton sieve with a mesh size of 90 μm and cleaned with local seawater before being transferred to a 15 ml sterile Falcon tube. To preserve the samples, the Falcon tube was filled with 99% ethanol and stored in the refrigerator until DNA extraction. The water samples were collected using a Ruttner collector (1.7 L) where water masses from two sites were pooled. For each site, water was collected from ~1-2 meters above the bottom and surface water and mixed in a bucket that was previously sterilized with 10% chlorine, washed with ethanol and rinsed three times with local seawater before each sampling. New gloves and a new sterile 60 ml syringe were used at each site to filter between 1140 and 1800 ml of water through a PureFlo disk filter (GF/PES 5.0/0.8 μm, Saint-Gobain Filter, USA) to capture environmental DNA. The filters were then immediately frozen in a Dry Shipper cooled with liquid nitrogen (-196°C) and then stored at -20°C when returned to the laboratory until DNA extraction.

Охват исследования Water and plankton samples were collected at suspected hotspots of introduction of invasive and NIS along the coast of Västra Götaland Sweden of 2024.

Описание этапа методики:

  1. Will be published after publication of report.

Дополнительные метаданные

Благодарности
Введение
Цель
Альтернативные идентификаторы 5de24e82-7d28-45e7-bc17-c8b8aad88961
https://www.gbif.se/ipt/resource?r=lstvg-hamnar_nord-2024-coi