Ancient host-associated microbes obtained from mammoth remains

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme dune Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant quensemble dun ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 35 enregistrements.

3 tableurs de données dextension existent également. Un enregistrement dextension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre denregistrements dans chaque tableur de données dextension est illustré ci-dessous.

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Versions

Le tableau ci-dessous naffiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Guinet B, Oskolkov N, Moreland K, Dehasque M, Chacón-Duque J C, Angerbjörn A, Arsuaga J L, Danilov G, Kanellidou F, Kitchener A C, Muller H, Plotnikov V, Protopopov A, Tikhonov A, Termes L, Zazula G, Mortensen P, Grigorieva L, Richards M, Shapiro B, Lister A M, Vartanyan S, Díez-Del-Molino D, Götherström A, Pečnerová P, Nikolskiy P, Dalén L, van der Valk T (2025). Ancient host-associated microbes obtained from mammoth remains. Dataset (metagenomic microbial DNA from mammoth remains). Centre for Palaeogenetics.

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est Centre for Palaeogenetics. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède lUUID GBIF suivante : fe104fc9-c453-49e0-90c0-5d71564289a4.  Centre for Palaeogenetics publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec lapprobation du GBIF Sweden.

Mots-clé

ancient DNA; aDNA; mammoth; metagenomics; microbial ecology; host-associated microbes; palaeogenetics

Contacts

Couverture géographique

The dataset covers mammoth remains recovered from a broad geographic range (including Siberia, Russia; Yakutia; Yukon, Canada; Europe) spanning multiple localities. Specific sample coordinates and provenance details are provided in the associated supplementary material of the paper (TableS1)

Couverture taxonomique

Taxa include remains of wooly and steppe mammoths and associated microbial taxa from Actinobacillus sp., Pasteurella sp. , Streptococcus sp. and Erysipelothrix sp.). The microbial DNA is identified and/or reconstructed to clade level.

Données sur le projet

International collaborative project to sequence and analyse ancient microbial DNA from mammoth remains spanning over one million years, to reconstruct host-associated microbial lineages and explore their evolutionary history.  Funding: SciLifeLab and Wallenberg Data Driven Life Science Program (KAW 2020.0239), Knut and Alice Wallenberg Foundation, National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS) at SciLifeLab, Swedish Research Council (grants 2017-04647 and 2021-00625), European Union – ERC (PrimiGenomes, 101054984), European Union – Horizon 2020 (Marie Skłodowska-Curie grant no. 892446), European Union – Horizon Europe (Marie Skłodowska-Curie Actions Postdoctoral Fellowships, 101111414)

Les personnes impliquées dans le projet:

Méthodes déchantillonnage

Specimens were obtained from collections/museums and excavations (locations include Yakutia, Russia; Yukon, Canada; Europe). DNA was extracted from tissue types (e.g., bone, tooth, tusk) under ancient DNA clean-lab conditions. Metagenomic sequencing libraries were prepared, sequenced, and processed. Contaminants were filtered using standard damage-pattern screening and comparison to environmental controls.

Description des étapes de la méthode:

1. Step 1: Collection of mammoth remains and contextual metadata (age, location, tissue type)  Step 2: Ancient DNA extraction and library preparation in clean-lab facilities  Step 3: High-throughput sequencing of metagenomic libraries  Step 4: Bioinformatic screening: mapping, contaminant filtering, damage pattern analysis  Step 5: Taxonomic assignment of microbial reads/contigs, genome reconstruction of key clades  Step 6: Phylogenetic and functional analyses of reconstructed microbial genomes  Step 7: Metadata integration and dataset assembly for publication and deposition

Citations bibliographiques

1. Guinet B, Oskolkov N, Moreland K, Dehasque M, Chacón-Duque J C, Angerbjörn A, Arsuaga J L, Danilov G, Kanellidou F, Kitchener A C, Muller H, Plotnikov V, Protopopov A, Tikhonov A, Termes L, Zazula G, Mortensen P, Grigorieva L, Richards M, Shapiro B, Lister A M, Vartanyan S, Díez-Del-Molino D, Götherström A, Pečnerová P, Nikolskiy P, Dalén L, van der Valk T. 2025. “Ancient host-associated microbes obtained from mammoth remains.” Cell. S0092-8674(25)00917-1. https://doi.org/10.1016/j.cell.2025.08.003

Métadonnées additionnelles