Ancient host-associated microbes obtained from mammoth remains

Записи данных

Данные этого occurrence ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 35 записей.

Также в наличии 3 таблиц с данными расширений. Записи расширений содержат дополнительную информацию об основной записи. Число записей в каждой таблице данных расширения показано ниже.

Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. В таблице версий перечислены другие версии ресурса, которые были доступны публично, что позволяет отслеживать изменения, внесенные в ресурс с течением времени.

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Guinet B, Oskolkov N, Moreland K, Dehasque M, Chacón-Duque J C, Angerbjörn A, Arsuaga J L, Danilov G, Kanellidou F, Kitchener A C, Muller H, Plotnikov V, Protopopov A, Tikhonov A, Termes L, Zazula G, Mortensen P, Grigorieva L, Richards M, Shapiro B, Lister A M, Vartanyan S, Díez-Del-Molino D, Götherström A, Pečnerová P, Nikolskiy P, Dalén L, van der Valk T (2025). Ancient host-associated microbes obtained from mammoth remains. Dataset (metagenomic microbial DNA from mammoth remains). Centre for Palaeogenetics.

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является Centre for Palaeogenetics. Эта работа находится под лицензией Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0).

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: fe104fc9-c453-49e0-90c0-5d71564289a4.  Centre for Palaeogenetics отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке GBIF Sweden.

Ключевые слова

ancient DNA; aDNA; mammoth; metagenomics; microbial ecology; host-associated microbes; palaeogenetics

Контакты

Географический охват

The dataset covers mammoth remains recovered from a broad geographic range (including Siberia, Russia; Yakutia; Yukon, Canada; Europe) spanning multiple localities. Specific sample coordinates and provenance details are provided in the associated supplementary material of the paper (TableS1)

Таксономический охват

Taxa include remains of wooly and steppe mammoths and associated microbial taxa from Actinobacillus sp., Pasteurella sp. , Streptococcus sp. and Erysipelothrix sp.). The microbial DNA is identified and/or reconstructed to clade level.

Данные проекта

International collaborative project to sequence and analyse ancient microbial DNA from mammoth remains spanning over one million years, to reconstruct host-associated microbial lineages and explore their evolutionary history.  Funding: SciLifeLab and Wallenberg Data Driven Life Science Program (KAW 2020.0239), Knut and Alice Wallenberg Foundation, National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS) at SciLifeLab, Swedish Research Council (grants 2017-04647 and 2021-00625), European Union – ERC (PrimiGenomes, 101054984), European Union – Horizon 2020 (Marie Skłodowska-Curie grant no. 892446), European Union – Horizon Europe (Marie Skłodowska-Curie Actions Postdoctoral Fellowships, 101111414)

Исполнители проекта:

Методы сбора

Specimens were obtained from collections/museums and excavations (locations include Yakutia, Russia; Yukon, Canada; Europe). DNA was extracted from tissue types (e.g., bone, tooth, tusk) under ancient DNA clean-lab conditions. Metagenomic sequencing libraries were prepared, sequenced, and processed. Contaminants were filtered using standard damage-pattern screening and comparison to environmental controls.

Описание этапа методики:

1. Step 1: Collection of mammoth remains and contextual metadata (age, location, tissue type)  Step 2: Ancient DNA extraction and library preparation in clean-lab facilities  Step 3: High-throughput sequencing of metagenomic libraries  Step 4: Bioinformatic screening: mapping, contaminant filtering, damage pattern analysis  Step 5: Taxonomic assignment of microbial reads/contigs, genome reconstruction of key clades  Step 6: Phylogenetic and functional analyses of reconstructed microbial genomes  Step 7: Metadata integration and dataset assembly for publication and deposition

Библиографические ссылки

1. Guinet B, Oskolkov N, Moreland K, Dehasque M, Chacón-Duque J C, Angerbjörn A, Arsuaga J L, Danilov G, Kanellidou F, Kitchener A C, Muller H, Plotnikov V, Protopopov A, Tikhonov A, Termes L, Zazula G, Mortensen P, Grigorieva L, Richards M, Shapiro B, Lister A M, Vartanyan S, Díez-Del-Molino D, Götherström A, Pečnerová P, Nikolskiy P, Dalén L, van der Valk T. 2025. “Ancient host-associated microbes obtained from mammoth remains.” Cell. S0092-8674(25)00917-1. https://doi.org/10.1016/j.cell.2025.08.003

Дополнительные метаданные