SHARK - Phyto- and Microzooplankton Data Collected by Imaging FlowCytobots (IFCB) in Swedish and Adjacent Waters

Evento de muestreo
Última versión publicado por The Swedish Meteorological and Hydrological Institute el feb 28, 2025 The Swedish Meteorological and Hydrological Institute
Inicio:
https://shark.smhi.se
Fecha de publicación:
28 de febrero de 2025
Licencia:
CC0 1.0

Descargue la última versión de los datos como un Archivo Darwin Core (DwC-A) o los metadatos como EML o RTF:

Datos como un archivo DwC-A descargar 17.731 registros en Inglés (18 MB) - Frecuencia de actualización: annual
Metadatos como un archivo EML descargar en Inglés (33 KB)
Metadatos como un archivo RTF descargar en Inglés (12 KB)

Descripción

Data is stored in the Swedish Ocean Archive database (SHARK), by the Swedish Meteorological and Hydrological Institute, National Oceanographic Data Centre.Monitoring is performed by Swedish Meteorological and Hydrological Institute. The monitoring is financed by monitoring projects.In short, analysis of phyto- and microzooplankton species composition, abundance and biomass is carried out for the following purposes.To describe temporal trends as well as the intensity and occurrence of blooms.To describe the spatial distribution of species.To identify key species (e.g. dominating, harmful, potential non-indigenous and/or invasive species, as well as indicator species).To provide basic data for complex ecosystem analyses, food web studies, modelling as well as for requirements in the frame of the Marine Strategy Framework Directive of the European Union (MSFD European Union 2008) and the EU Water Framework Directive (WFD European Union 2000).In this dataset you will find data from Tangesund oceanographic platform, Swedish Skagerrak coast year 2016 (IFCB110), and from R/V Svea (https://vocab.nerc.ac.uk/collection/C17/current/77SE/) from year 2022 onwards (IFCB134). Other sampling platforms are possible.

Registros

Los datos en este recurso de evento de muestreo han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 17.731 registros.

también existen 2 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.

Event (core)
17731
ExtendedMeasurementOrFact 
1111062
Occurrence 
121103

Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

Swedish Meteorological and Hydrological Institute (2024). SHARK - Phyto- and Microzooplankton Data Collected by Imaging FlowCytobots (IFCB) in Swedish and Adjacent Waters

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es The Swedish Meteorological and Hydrological Institute. En la medida de lo posible según la ley, el publicador ha renunciado a todos los derechos sobre estos datos y los ha dedicado al Dominio público (CC0 1.0). Los usuarios pueden copiar, modificar, distribuir y utilizar la obra, incluso con fines comerciales, sin restricciones.

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: a28ecb21-884c-4cc1-8e95-f0ec703609bd.  The Swedish Meteorological and Hydrological Institute publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por GBIF Sweden.

Palabras clave

Samplingevent; Plankton

Contactos

SHARK SMHI
  • Proveedor De Los Metadatos ●
  • Originador ●
  • Punto De Contacto
  • Data manager
Swedish Meterological and Hydrological Institute (SMHI)
SE

Cobertura geográfica

N/A

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [54,833, 5,804], Latitud Máxima Longitud Máxima [65,166, 23,821]

Cobertura taxonómica

No hay descripción disponible

Reino Chromista, Plantae, Protozoa, Bacteria
Filo Cyanobacteria, Myzozoa, Chlorophyta, Cercozoa, Cryptophyta, Euglenozoa, Bacillariophyta, Ochrophyta, Ciliophora
Class Dinophyceae, Chrysophyceae, Raphidophyceae, Cryptophyceae, Pyramimonadophyceae, Trebouxiophyceae, Oligotrichea, Dictyochophyceae, Euglenophyceae, Cyanophyceae, Chlorophyceae, Litostomatea, Thecofilosea, Ulvophyceae, Bacillariophyceae
Orden Gonyaulacales, Ulotrichales, Thalassionematales, Gymnodiniales, Lithodesmiales, Eutreptiales, Coscinodiscales, Fragilariales, Dictyochales, Chaetocerotanae incertae sedis, Thalassiosirales, Cyclotrichiida, Pennales, Thoracosphaerales, Ebriales, Triceratiales, Choreotrichida, Oligotrichida, Chattonellales, Centrales, Dinophysales, Prorocentrales, Chromulinales, Rhizosoleniales, Chlorellales, Bacillariales, Chroococcales, Paraliales, Pyramimonadales, Tovelliales, Leptocylindrales, Pedinellales, Peridiniales, Hemiaulales, Amphidiniales, Cryptomonadales, Nostocales, Sphaeropleales, Licmophorales
Familia Paraliaceae, Gymnodiniaceae, Fragilariaceae, Microcystaceae, Stephanodiscaceae, Tontoniidae, Dictyochaceae, Aphanizomenonaceae, Eutreptiaceae, Thalassiosiraceae, Thalassionemataceae, Dinophysaceae, Coscinodiscaceae, Triceratiaceae, Chattonellaceae, Actinomonadaceae, Metacylididae, Cladopyxidaceae, Protoperidiniaceae, Strombidiidae, Dinobryaceae, Chaetocerotaceae, Skeletonemaceae, Thoracosphaeraceae, Lithodesmiaceae, Leptocylindraceae, Pyramimonadaceae, Pyrocystaceae, Selenastraceae, Binucleariaceae, Ebriaceae, Polykrikaceae, Oxytoxaceae, Nodulariaceae, Oocystaceae, Lingulodiniaceae, Ceratiaceae, Prorocentraceae, Rhizosoleniaceae, Peridiniaceae, Licmophoraceae, Mesodiniidae, Gyrodiniaceae, Gonyaulacaceae, Hemiaulaceae, Kareniaceae, Warnowiaceae, Tovelliaceae, Scenedesmaceae, Heterocapsaceae, Amphidiniaceae, Bacillariaceae

Cobertura temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 2016-08-10 / 2024-12-15

Métodos de muestreo

Sampling is performed either using shipboard flow through systems (i.e. FerryBox) where the Imaging FlowCytobot (IFCB) is connected as an addon, or at specific locations with the IFCB is submerged in-situ. Other deployment methods are possible. The IFCB uses flow cytometry technology and high-resolution images to detects particles in a water sample. Shapes in images are identified to best possible taxonomical levels using AI-assisted image analysis software. Volumes are estimated from the organism’s two-dimensional boundary.

Área de Estudio Data are collected within the following marine ecoregions: http://marineregions.org/mrgid/2401, http://marineregions.org/mrgid/2374, http://marineregions.org/mrgid/2379, http://marineregions.org/mrgid/2350

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. The analysis follows the methods provided - Machine learning: Sosik, H. M. and Olson, R. J. (2007), Automated taxonomic classification of phytoplankton sampled with imaging-in-flow cytometry. Limnol. Oceanogr: Methods 5, 204–216. http://github.com/hsosik/ifcb-analysis - Quality control: Hayashi, K., Walton, J., Lie, A., Smith, J. and Kudela M. Using particle size distribution (PSD) to automate imaging flow cytobot (IFCB) data quality in coastal California, USA. In prep. http://github.com/kudelalab/PSD - Data processing: Anders Torstensson (2024). I 'R' FlowCytobot (iRfcb): Tools for Analyzing and Processing Data from the IFCB. R package version 0.3.10. https://doi.org/10.5281/zenodo.12533225. http://github.com/EuropeanIFCBGroup/iRfcb

Metadatos adicionales