Description
Enregistrements de données
Les données de cette ressource données d'échantillonnage ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 17 731 enregistrements.
2 tableurs de données d'extension existent également. Un enregistrement d'extension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre d'enregistrements dans chaque tableur de données d'extension est illustré ci-dessous.
Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.
Versions
Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.
Comment citer
Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:
Swedish Meteorological and Hydrological Institute (2024). SHARK - Phyto- and Microzooplankton Data Collected by Imaging FlowCytobots (IFCB) in Swedish and Adjacent Waters
Droits
Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:
L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est The Swedish Meteorological and Hydrological Institute. En vertu de la loi, l'éditeur a abandonné ses droits par rapport à ces données et les a dédié au Domaine Public (CC0 1.0). Les utilisateurs peuvent copier, modifier, distribuer et utiliser ces travaux, incluant des utilisations commerciales, sans aucune restriction.
Enregistrement GBIF
Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : a28ecb21-884c-4cc1-8e95-f0ec703609bd. The Swedish Meteorological and Hydrological Institute publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du GBIF Sweden.
Mots-clé
Samplingevent; Plankton
Contacts
- Fournisseur Des Métadonnées ●
- Créateur ●
- Personne De Contact
- Data manager
Couverture géographique
N/A
| Enveloppe géographique | Sud Ouest [54,833, 5,804], Nord Est [65,166, 23,821] |
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Couverture taxonomique
Pas de description disponible
| Kingdom | Chromista, Plantae, Protozoa, Bacteria |
|---|---|
| Phylum | Cyanobacteria, Myzozoa, Chlorophyta, Cercozoa, Cryptophyta, Euglenozoa, Bacillariophyta, Ochrophyta, Ciliophora |
| Class | Dinophyceae, Chrysophyceae, Raphidophyceae, Cryptophyceae, Pyramimonadophyceae, Trebouxiophyceae, Oligotrichea, Dictyochophyceae, Euglenophyceae, Cyanophyceae, Chlorophyceae, Litostomatea, Thecofilosea, Ulvophyceae, Bacillariophyceae |
| Order | Gonyaulacales, Ulotrichales, Thalassionematales, Gymnodiniales, Lithodesmiales, Eutreptiales, Coscinodiscales, Fragilariales, Dictyochales, Chaetocerotanae incertae sedis, Thalassiosirales, Cyclotrichiida, Pennales, Thoracosphaerales, Ebriales, Triceratiales, Choreotrichida, Oligotrichida, Chattonellales, Centrales, Dinophysales, Prorocentrales, Chromulinales, Rhizosoleniales, Chlorellales, Bacillariales, Chroococcales, Paraliales, Pyramimonadales, Tovelliales, Leptocylindrales, Pedinellales, Peridiniales, Hemiaulales, Amphidiniales, Cryptomonadales, Nostocales, Sphaeropleales, Licmophorales |
| Family | Paraliaceae, Gymnodiniaceae, Fragilariaceae, Microcystaceae, Stephanodiscaceae, Tontoniidae, Dictyochaceae, Aphanizomenonaceae, Eutreptiaceae, Thalassiosiraceae, Thalassionemataceae, Dinophysaceae, Coscinodiscaceae, Triceratiaceae, Chattonellaceae, Actinomonadaceae, Metacylididae, Cladopyxidaceae, Protoperidiniaceae, Strombidiidae, Dinobryaceae, Chaetocerotaceae, Skeletonemaceae, Thoracosphaeraceae, Lithodesmiaceae, Leptocylindraceae, Pyramimonadaceae, Pyrocystaceae, Selenastraceae, Binucleariaceae, Ebriaceae, Polykrikaceae, Oxytoxaceae, Nodulariaceae, Oocystaceae, Lingulodiniaceae, Ceratiaceae, Prorocentraceae, Rhizosoleniaceae, Peridiniaceae, Licmophoraceae, Mesodiniidae, Gyrodiniaceae, Gonyaulacaceae, Hemiaulaceae, Kareniaceae, Warnowiaceae, Tovelliaceae, Scenedesmaceae, Heterocapsaceae, Amphidiniaceae, Bacillariaceae |
Couverture temporelle
| Date de début / Date de fin | 2016-08-10 / 2024-12-15 |
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Méthodes d'échantillonnage
Sampling is performed either using shipboard flow through systems (i.e. FerryBox) where the Imaging FlowCytobot (IFCB) is connected as an addon, or at specific locations with the IFCB is submerged in-situ. Other deployment methods are possible. The IFCB uses flow cytometry technology and high-resolution images to detects particles in a water sample. Shapes in images are identified to best possible taxonomical levels using AI-assisted image analysis software. Volumes are estimated from the organism’s two-dimensional boundary.
| Etendue de l'étude | Data are collected within the following marine ecoregions: http://marineregions.org/mrgid/2401, http://marineregions.org/mrgid/2374, http://marineregions.org/mrgid/2379, http://marineregions.org/mrgid/2350 |
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Description des étapes de la méthode:
- The analysis follows the methods provided - Machine learning: Sosik, H. M. and Olson, R. J. (2007), Automated taxonomic classification of phytoplankton sampled with imaging-in-flow cytometry. Limnol. Oceanogr: Methods 5, 204–216. http://github.com/hsosik/ifcb-analysis - Quality control: Hayashi, K., Walton, J., Lie, A., Smith, J. and Kudela M. Using particle size distribution (PSD) to automate imaging flow cytobot (IFCB) data quality in coastal California, USA. In prep. http://github.com/kudelalab/PSD - Data processing: Anders Torstensson (2024). I 'R' FlowCytobot (iRfcb): Tools for Analyzing and Processing Data from the IFCB. R package version 0.3.10. https://doi.org/10.5281/zenodo.12533225. http://github.com/EuropeanIFCBGroup/iRfcb
Métadonnées additionnelles
| Identifiants alternatifs | https://www.gbif.se/ipt/resource?r=shark-planktonimaging |
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