Fungal Diversity Survey Sweden ITS-LSU rDNA

Occurrence Observation
Versão mais recente published by Biology Section, Uppsala University on fev. 19, 2026 Biology Section, Uppsala University
Publication date:
19 de fevereiro de 2026
Licença:
CC0 1.0

Baixe a última versão do recurso de dados, como um Darwin Core Archive (DwC-A) ou recurso de metadados, como EML ou RTF:

Dados como um arquivo DwC-A download 316 registros em English (122 KB) - Frequência de atualização: não plenejado
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Metadados como um arquivo RTF download em English (11 KB)

Descrição

Project OverviewThe project aims to investigate species diversity and variety from a citizen science perspective (more of a random character, i.e., not a strictly scientific research character).Project GoalsInvestigate species diversity and variety on a larger scale (>1,000 samples)Give sequences a "face" = metadata such as environmental data, field images, etc.Provide tools for species identificationUse DNA barcoding of the ITS regionBe cost-effectiveBe methodologically feasible from fruiting body to analyzed sequenceDisseminate knowledge about the methodDataset DescriptionThe dataset contains DNA-barcoded samples of fungal fruiting bodies collected in Sweden. The collection has been mostly random and the selection has primarily been based on the collector's own interest. Collectors are mainly amateur mycologists. Barcoding has been performed on the ITS region and parts of the SSU and LSU regions. Additional observational metadata such as coordinates, images, and environmental descriptions are linked to the Swedish Observation System for each respective sample.This dataset was published via the SBDI ASV portal.

Registros de Dados

Os dados deste recurso de ocorrência foram publicados como um Darwin Core Archive (DwC-A), que é o formato padronizado para compartilhamento de dados de biodiversidade como um conjunto de uma ou mais tabelas de dados. A tabela de dados do núcleo contém 316 registros.

Também existem 2 tabelas de dados de extensão. Um registro de extensão fornece informações adicionais sobre um registro do núcleo. O número de registros em cada tabela de dados de extensão é ilustrado abaixo.

Occurrence (core)
316
dnaDerivedData 
316
ExtendedMeasurementOrFact 
316

This IPT archives the data and thus serves as the data repository. The data and resource metadata are available for download in the downloads section. The versions table lists other versions of the resource that have been made publicly available and allows tracking changes made to the resource over time.

Versões

A tabela abaixo mostra apenas versões de recursos que são publicamente acessíveis.

Como citar

Pesquisadores deveriam citar esta obra da seguinte maneira:

Fritzson P, Bråvander B (2026). Fungal Diversity Survey Sweden ITS-LSU rDNA. Version 1.2. Biology Section, Uppsala University. Occurrence dataset. https://www.gbif.se/ipt/resource?r=fdss_its-lsu&v=1.2

Direitos

Pesquisadores devem respeitar a seguinte declaração de direitos:

O editor e o detentor dos direitos deste trabalho é Biology Section, Uppsala University. To the extent possible under law, the publisher has waived all rights to these data and has dedicated them to the Public Domain (CC0 1.0). Users may copy, modify, distribute and use the work, including for commercial purposes, without restriction.

GBIF Registration

Este recurso foi registrado no GBIF e atribuído ao seguinte GBIF UUID: 7510f2e6-ebd2-414e-b91d-7e9c8b673655.  Biology Section, Uppsala University publica este recurso, e está registrado no GBIF como um publicador de dados aprovado por GBIF Sweden.

Palavras-chave

Occurrence; Observation

Contatos

Patrick Fritzson
  • Originador ●
  • Ponto De Contato
Uppsala Svampklubb
SE-743 40 Uppsala
SE
Björn Bråvander
  • Originador ●
  • Ponto De Contato
Uppsala Svampklubb
SE-756 43 Uppsala
SE
Anna Rosling
  • Ponto De Contato
  • Associate Professor
Department of Ecology and Genetics, Uppsala University
  • Evolutionsbiologiskt centrum, Norbyvägen 18D
752 36 Uppsala
SE
  • +46184716444

Cobertura Geográfica

Sweden

Coordenadas delimitadoras Sul Oeste [57,843, 14,819], Norte Leste [67,956, 23,25]

Cobertura Taxonômica

All fungi samples identified to genus or species

Reino Fungi
Filo Ascomycota, Basidiomycota
Class Geoglossomycetes, Agaricomycetes, Pezizomycetes, Leotiomycetes
Ordem Pezizales, Polyporales, Hymenochaetales, Russulales, Thelephorales, Leotiales, Geoglossales, Boletales, Agaricales, Cantharellales, Gomphales
Família Rhizopogonaceae, Tricholomataceae, Russulaceae, Auriscalpiaceae, Entolomataceae, Pluteaceae, Gomphaceae, Lycoperdaceae, Suillaceae, Mycenaceae, Physalacriaceae, Amanitaceae, Tubariaceae, Strophariaceae, Geoglossaceae, Psathyrellaceae, Steccherinaceae, Pleurotaceae, Oxyporaceae, Polyporaceae, Bankeraceae, Hymenochaetales_fam_Incertae_sedis, Omphalotaceae, Stereaceae, Clavariaceae, Pyronemataceae, Leotiaceae, Cortinariaceae, Inocybaceae, Hymenogastraceae, Agaricales_fam_Incertae_sedis, Fomitopsidaceae, Bolbitiaceae, Pterulaceae, Lyophyllaceae, Hygrophoraceae

Cobertura Temporal

Data Inicial / Data final 2023-04-03 / 2024-02-01

Dados Sobre o Projeto

Nenhuma descrição disponível

Título Fungal Diversity Survey Sweden

O pessoal envolvido no projeto:

Patrick Fritzson
  • Originador
Björn Bråvander
  • Originador

Métodos de Amostragem

The collection of fruiting bodies has been conducted randomly based on the collector's own interest and knowledge. Both known and unknown species to the collector have been gathered. All fruiting bodies have been dried using a mushroom dryer at a maximum of 35 degrees Celsius and then stored dry and dark in paper envelopes or zip bags. Subsequent handling is described in detail in protocol: https://www.protocols.io/view/uppsala-fungal-barcoding-using-ont-dna-extraction-n2bvj3mbblk5/v1

Área de Estudo Collection of fungi, mainly basidiomycetes, within Sweden and primarily in the Uppland province.

Descrição dos passos do método:

  1. Step 1: From collection of fruitbodies to a barcoded sequence https://www.protocols.io/view/uppsala-fungal-barcoding-using-ont-dna-extraction-n2bvj3mbblk5/v1 Step 2: Bioinformatics. Raw reads to consensus sequencies https://github.com/Rosling-lab/ont_barcoding Step 3: Consensus sequencies analysis and database reporting Comming article xxxxx Databases: Swedish Speicies Observation System (Artportalen), GenBank, ENA, ASV

Metadados Adicionais

Acknowledgements
Identificadores alternativos 7510f2e6-ebd2-414e-b91d-7e9c8b673655
https://www.gbif.se/ipt/resource?r=fdss_its-lsu