16S data from: Diversity of Pico- to Mesoplankton along the 2000 km Salinity Gradient of the Baltic Sea (Hu et al. 2016)

Registros

Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 11.387 registros.

también existen 2 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.

Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

Andersson A, Karlson B (2023). 16S data from: Diversity of Pico- to Mesoplankton along the 2000 km Salinity Gradient of the Baltic Sea (Hu et al. 2016). Version 1.10. KTH Royal Institute of Technology. Occurrence dataset. https://www.gbif.se/ipt/resource?r=sbdi-asv-3&v=1.10

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es KTH Royal Institute of Technology. En la medida de lo posible según la ley, el publicador ha renunciado a todos los derechos sobre estos datos y los ha dedicado al Dominio público (CC0 1.0). Los usuarios pueden copiar, modificar, distribuir y utilizar la obra, incluso con fines comerciales, sin restricciones.

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 9e29a2fe-d780-48a8-a93f-9ce041f9202f.  KTH Royal Institute of Technology publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por GBIF Sweden.

Palabras clave

Occurrence; Observation

Contactos

Anders Andersson

• Proveedor De Los Metadatos ●
• Originador ●
• Usuario ●
• Punto De Contacto

Associate Professor

KTH Royal Institute of Technology

Science for Life Laboratory

Stockholm

SE

anders.andersson@scilifelab.se

http://orcid.org/0000-0002-3627-6899

Bengt Karlson

• ●
• Proveedor De Los Metadatos ●
• Originador

Researcher

Swedish Meteorological and Hydrological Institute (SMHI)

Göteborg

SE

Bengt.Karlson@smhi.se

Cobertura geográfica

Water samples from a transect from Kattegatt to the Gulf of Bothnia

Cobertura temporal

Datos del proyecto

No hay descripción disponible

Personas asociadas al proyecto:

Yue Hu

• Autor

Bengt Karlson

• Autor

Sophie Charvet

• Autor

Anders Andersson

• Autor

http://orcid.org/0000-0002-3627-6899

Métodos de muestreo

Twenty-one water samples were collected in the Kattegat, the Baltic Proper and the Gulf of Bothnia using a FerryBox system installed in the ship TransPaper during 13th–19th of July 2013. The ship followed the route: Gothenburg (Sweden)—Kemi (Finland)—Oulu (Finland)—Lübeck (Germany)—Gothenburg. The FerryBox system consists of a pump with a water inlet at 3 m depth, a circuit of multiple sensors for temperature, conductivity, chlorophyll and phycocyanin fluorescence, turbidity, and oxygen as well as automated water sampling devices. A detailed description of the FerryBox system is found in Karlson et al. (in press). Manual water sampling for DNA analysis was carried out both on the Northward and Southward legs. Approximately, 10 L of seawater were collected in a polycarbonate carboy. Subsamples of 200–500 mL were filtered onto 0.22 μm pore-size mixed cellulose ester membrane filters (Merck Millipore co., Cat. No. GSWP04700) to capture plankton. The filters were frozen in liquid nitrogen on board and kept at −20 to −80°C until DNA extraction. Genomic DNA was extracted using the PowerWater® DNA isolation kit (MO-BIO Laboratories Inc, Carlsbad CA, USA) following the instructions provided by the manufacturer. The V3-V4 regions of bacterial 16S rRNA genes were PCR amplified with primers 341F (CCTACGGGNGGCWGCAG) and 805R (GACTACHVGGGTATCTAATCC) (Herlemann et al., 2011). A two step PCR procedure was applied (Hugerth et al., 2014a), with 35 (25 + 10) PCR cycles. Between the first and second PCR, and prior to pooling libraries, amplicons were purified with 8.8% PEG 6000 (Polyethylene Glycol 6000) (Merck Millipore co., Cat. No. 528877-1KG) precipitation buffer and CA beads (carboxylic acid-coated superparamagnetic beads) (Dynabeads® MyOne™ Carboxylic Acid, Cat. No. 65012; Lundin et al., 2010). Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent, Technologies, DNA 1000 LabChip kit) and Qubit® 2.0 Fluorometer (Invitrogen, Qubit-IT™ dsDNA HS Assay kit) were used for checking the amplicon fragment sizes and quantification. Equimolar amounts of indexed samples were mixed and sequenced with Illumina MiSeq (Illumina Inc, USA) at NGI/Scilifelab Stockholm. The sequencing reads have been submitted to the European Nucleotide Archive (ENA) under accession numbers PRJEB12362. Sequence processing was not conducted as in the journal publication, but by using the https://nf-co.re/ampliseq pipeline in which the denoising (ASV reconstruction) step was conducted with DADA2.

Descripción de la metodología paso a paso:

1. See Sampling Description.

Referencias bibliográficas

1. Yue O O Hu, Bengt Karlson, Sophie Charvet, Anders F Andersson. Diversity of Pico- to Mesoplankton along the 2000 km Salinity Gradient of the Baltic Sea. Front Microbiol. 2016 May 12;7:679. https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00679

Metadatos adicionales