16S data from: Diversity of Pico- to Mesoplankton along the 2000 km Salinity Gradient of the Baltic Sea (Hu et al. 2016)

データ レコード

この オカレンス（観察データと標本) リソース内のデータは、1 つまたは複数のデータ テーブルとして生物多様性データを共有するための標準化された形式であるダーウィン コア アーカイブ (DwC-A) として公開されています。 コア データ テーブルには、11,387 レコードが含まれています。

拡張データ テーブルは2 件存在しています。拡張レコードは、コアのレコードについての追加情報を提供するものです。 各拡張データ テーブル内のレコード数を以下に示します。

この IPT はデータをアーカイブし、データ リポジトリとして機能します。データとリソースのメタデータは、 ダウンロード セクションからダウンロードできます。 バージョン テーブルから公開可能な他のバージョンを閲覧でき、リソースに加えられた変更を知ることができます。

バージョン

次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。

引用方法

研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:

Andersson A, Karlson B (2023). 16S data from: Diversity of Pico- to Mesoplankton along the 2000 km Salinity Gradient of the Baltic Sea (Hu et al. 2016). Version 1.10. KTH Royal Institute of Technology. Occurrence dataset. https://www.gbif.se/ipt/resource?r=sbdi-asv-3&v=1.10

権利

研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:

パブリッシャーとライセンス保持者権利者は KTH Royal Institute of Technology。 To the extent possible under law, the publisher has waived all rights to these data and has dedicated them to the Public Domain (CC0 1.0). Users may copy, modify, distribute and use the work, including for commercial purposes, without restriction.

GBIF登録

このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: 9e29a2fe-d780-48a8-a93f-9ce041f9202fが割り当てられています。   GBIF Sweden によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているKTH Royal Institute of Technology が、このリソースをパブリッシュしました。

キーワード

Occurrence; Observation

連絡先

Anders Andersson

• メタデータ提供者 ●
• 最初のデータ採集者 ●
• データ利用者 ●
• 連絡先

Associate Professor

KTH Royal Institute of Technology

Science for Life Laboratory

Stockholm

SE

anders.andersson@scilifelab.se

http://orcid.org/0000-0002-3627-6899

Bengt Karlson

• ●
• メタデータ提供者 ●
• 最初のデータ採集者

Researcher

Swedish Meteorological and Hydrological Institute (SMHI)

Göteborg

SE

Bengt.Karlson@smhi.se

地理的範囲

Water samples from a transect from Kattegatt to the Gulf of Bothnia

時間的範囲

プロジェクトデータ

説明がありません

プロジェクトに携わる要員:

Yue Hu

• 論文著者

Bengt Karlson

• 論文著者

Sophie Charvet

• 論文著者

Anders Andersson

• 論文著者

http://orcid.org/0000-0002-3627-6899

収集方法

Twenty-one water samples were collected in the Kattegat, the Baltic Proper and the Gulf of Bothnia using a FerryBox system installed in the ship TransPaper during 13th–19th of July 2013. The ship followed the route: Gothenburg (Sweden)—Kemi (Finland)—Oulu (Finland)—Lübeck (Germany)—Gothenburg. The FerryBox system consists of a pump with a water inlet at 3 m depth, a circuit of multiple sensors for temperature, conductivity, chlorophyll and phycocyanin fluorescence, turbidity, and oxygen as well as automated water sampling devices. A detailed description of the FerryBox system is found in Karlson et al. (in press). Manual water sampling for DNA analysis was carried out both on the Northward and Southward legs. Approximately, 10 L of seawater were collected in a polycarbonate carboy. Subsamples of 200–500 mL were filtered onto 0.22 μm pore-size mixed cellulose ester membrane filters (Merck Millipore co., Cat. No. GSWP04700) to capture plankton. The filters were frozen in liquid nitrogen on board and kept at −20 to −80°C until DNA extraction. Genomic DNA was extracted using the PowerWater® DNA isolation kit (MO-BIO Laboratories Inc, Carlsbad CA, USA) following the instructions provided by the manufacturer. The V3-V4 regions of bacterial 16S rRNA genes were PCR amplified with primers 341F (CCTACGGGNGGCWGCAG) and 805R (GACTACHVGGGTATCTAATCC) (Herlemann et al., 2011). A two step PCR procedure was applied (Hugerth et al., 2014a), with 35 (25 + 10) PCR cycles. Between the first and second PCR, and prior to pooling libraries, amplicons were purified with 8.8% PEG 6000 (Polyethylene Glycol 6000) (Merck Millipore co., Cat. No. 528877-1KG) precipitation buffer and CA beads (carboxylic acid-coated superparamagnetic beads) (Dynabeads® MyOne™ Carboxylic Acid, Cat. No. 65012; Lundin et al., 2010). Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent, Technologies, DNA 1000 LabChip kit) and Qubit® 2.0 Fluorometer (Invitrogen, Qubit-IT™ dsDNA HS Assay kit) were used for checking the amplicon fragment sizes and quantification. Equimolar amounts of indexed samples were mixed and sequenced with Illumina MiSeq (Illumina Inc, USA) at NGI/Scilifelab Stockholm. The sequencing reads have been submitted to the European Nucleotide Archive (ENA) under accession numbers PRJEB12362. Sequence processing was not conducted as in the journal publication, but by using the https://nf-co.re/ampliseq pipeline in which the denoising (ASV reconstruction) step was conducted with DADA2.

Method step description:

1. See Sampling Description.

書誌情報の引用

1. Yue O O Hu, Bengt Karlson, Sophie Charvet, Anders F Andersson. Diversity of Pico- to Mesoplankton along the 2000 km Salinity Gradient of the Baltic Sea. Front Microbiol. 2016 May 12;7:679. https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00679

追加のメタデータ