16S data from: Diversity of Pico- to Mesoplankton along the 2000 km Salinity Gradient of the Baltic Sea (Hu et al. 2016)

Записи данных

Данные этого occurrence ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 11 387 записей.

Также в наличии 2 таблиц с данными расширений. Записи расширений содержат дополнительную информацию об основной записи. Число записей в каждой таблице данных расширения показано ниже.

Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. В таблице версий перечислены другие версии ресурса, которые были доступны публично, что позволяет отслеживать изменения, внесенные в ресурс с течением времени.

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Andersson A, Karlson B (2023). 16S data from: Diversity of Pico- to Mesoplankton along the 2000 km Salinity Gradient of the Baltic Sea (Hu et al. 2016). Version 1.10. KTH Royal Institute of Technology. Occurrence dataset. https://www.gbif.se/ipt/resource?r=sbdi-asv-3&v=1.10

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является KTH Royal Institute of Technology. Насколько это возможно по закону, издатель отказался от всех прав на эти данные и посвятил их Public Domain (CC0 1.0). Пользователи могут без ограничений копировать, изменять, распространять и использовать работу, в том числе в коммерческих целях.

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 9e29a2fe-d780-48a8-a93f-9ce041f9202f.  KTH Royal Institute of Technology отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке GBIF Sweden.

Ключевые слова

Occurrence; Observation

Контакты

Anders Andersson

• Metadata Provider ●
• Originator ●
• User ●
• Point Of Contact

Associate Professor

KTH Royal Institute of Technology

Science for Life Laboratory

Stockholm

SE

anders.andersson@scilifelab.se

http://orcid.org/0000-0002-3627-6899

Bengt Karlson

• ●
• Metadata Provider ●
• Originator

Researcher

Swedish Meteorological and Hydrological Institute (SMHI)

Göteborg

SE

Bengt.Karlson@smhi.se

Географический охват

Water samples from a transect from Kattegatt to the Gulf of Bothnia

Временной охват

Данные проекта

Описание отсутсвует

Исполнители проекта:

Yue Hu

• Author

Bengt Karlson

• Author

Sophie Charvet

• Author

Anders Andersson

• Author

http://orcid.org/0000-0002-3627-6899

Методы сбора

Twenty-one water samples were collected in the Kattegat, the Baltic Proper and the Gulf of Bothnia using a FerryBox system installed in the ship TransPaper during 13th–19th of July 2013. The ship followed the route: Gothenburg (Sweden)—Kemi (Finland)—Oulu (Finland)—Lübeck (Germany)—Gothenburg. The FerryBox system consists of a pump with a water inlet at 3 m depth, a circuit of multiple sensors for temperature, conductivity, chlorophyll and phycocyanin fluorescence, turbidity, and oxygen as well as automated water sampling devices. A detailed description of the FerryBox system is found in Karlson et al. (in press). Manual water sampling for DNA analysis was carried out both on the Northward and Southward legs. Approximately, 10 L of seawater were collected in a polycarbonate carboy. Subsamples of 200–500 mL were filtered onto 0.22 μm pore-size mixed cellulose ester membrane filters (Merck Millipore co., Cat. No. GSWP04700) to capture plankton. The filters were frozen in liquid nitrogen on board and kept at −20 to −80°C until DNA extraction. Genomic DNA was extracted using the PowerWater® DNA isolation kit (MO-BIO Laboratories Inc, Carlsbad CA, USA) following the instructions provided by the manufacturer. The V3-V4 regions of bacterial 16S rRNA genes were PCR amplified with primers 341F (CCTACGGGNGGCWGCAG) and 805R (GACTACHVGGGTATCTAATCC) (Herlemann et al., 2011). A two step PCR procedure was applied (Hugerth et al., 2014a), with 35 (25 + 10) PCR cycles. Between the first and second PCR, and prior to pooling libraries, amplicons were purified with 8.8% PEG 6000 (Polyethylene Glycol 6000) (Merck Millipore co., Cat. No. 528877-1KG) precipitation buffer and CA beads (carboxylic acid-coated superparamagnetic beads) (Dynabeads® MyOne™ Carboxylic Acid, Cat. No. 65012; Lundin et al., 2010). Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent, Technologies, DNA 1000 LabChip kit) and Qubit® 2.0 Fluorometer (Invitrogen, Qubit-IT™ dsDNA HS Assay kit) were used for checking the amplicon fragment sizes and quantification. Equimolar amounts of indexed samples were mixed and sequenced with Illumina MiSeq (Illumina Inc, USA) at NGI/Scilifelab Stockholm. The sequencing reads have been submitted to the European Nucleotide Archive (ENA) under accession numbers PRJEB12362. Sequence processing was not conducted as in the journal publication, but by using the https://nf-co.re/ampliseq pipeline in which the denoising (ASV reconstruction) step was conducted with DADA2.

Описание этапа методики:

1. See Sampling Description.

Библиографические ссылки

1. Yue O O Hu, Bengt Karlson, Sophie Charvet, Anders F Andersson. Diversity of Pico- to Mesoplankton along the 2000 km Salinity Gradient of the Baltic Sea. Front Microbiol. 2016 May 12;7:679. https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00679

Дополнительные метаданные