16S data from: Diversity of Pico- to Mesoplankton along the 2000 km Salinity Gradient of the Baltic Sea (Hu et al. 2016)

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 11 387 enregistrements.

2 tableurs de données d'extension existent également. Un enregistrement d'extension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre d'enregistrements dans chaque tableur de données d'extension est illustré ci-dessous.

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Andersson A, Karlson B (2023). 16S data from: Diversity of Pico- to Mesoplankton along the 2000 km Salinity Gradient of the Baltic Sea (Hu et al. 2016). Version 1.10. KTH Royal Institute of Technology. Occurrence dataset. https://www.gbif.se/ipt/resource?r=sbdi-asv-3&v=1.10

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est KTH Royal Institute of Technology. En vertu de la loi, l'éditeur a abandonné ses droits par rapport à ces données et les a dédié au Domaine Public (CC0 1.0). Les utilisateurs peuvent copier, modifier, distribuer et utiliser ces travaux, incluant des utilisations commerciales, sans aucune restriction.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : 9e29a2fe-d780-48a8-a93f-9ce041f9202f.  KTH Royal Institute of Technology publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du GBIF Sweden.

Mots-clé

Occurrence; Observation

Contacts

Anders Andersson

• Fournisseur Des Métadonnées ●
• Créateur ●
• Utilisateur ●
• Personne De Contact

Associate Professor

KTH Royal Institute of Technology

Science for Life Laboratory

Stockholm

SE

anders.andersson@scilifelab.se

http://orcid.org/0000-0002-3627-6899

Bengt Karlson

• ●
• Fournisseur Des Métadonnées ●
• Créateur

Researcher

Swedish Meteorological and Hydrological Institute (SMHI)

Göteborg

SE

Bengt.Karlson@smhi.se

Couverture géographique

Water samples from a transect from Kattegatt to the Gulf of Bothnia

Couverture temporelle

Données sur le projet

Pas de description disponible

Les personnes impliquées dans le projet:

Yue Hu

• Auteur

Bengt Karlson

• Auteur

Sophie Charvet

• Auteur

Anders Andersson

• Auteur

http://orcid.org/0000-0002-3627-6899

Méthodes d'échantillonnage

Twenty-one water samples were collected in the Kattegat, the Baltic Proper and the Gulf of Bothnia using a FerryBox system installed in the ship TransPaper during 13th–19th of July 2013. The ship followed the route: Gothenburg (Sweden)—Kemi (Finland)—Oulu (Finland)—Lübeck (Germany)—Gothenburg. The FerryBox system consists of a pump with a water inlet at 3 m depth, a circuit of multiple sensors for temperature, conductivity, chlorophyll and phycocyanin fluorescence, turbidity, and oxygen as well as automated water sampling devices. A detailed description of the FerryBox system is found in Karlson et al. (in press). Manual water sampling for DNA analysis was carried out both on the Northward and Southward legs. Approximately, 10 L of seawater were collected in a polycarbonate carboy. Subsamples of 200–500 mL were filtered onto 0.22 μm pore-size mixed cellulose ester membrane filters (Merck Millipore co., Cat. No. GSWP04700) to capture plankton. The filters were frozen in liquid nitrogen on board and kept at −20 to −80°C until DNA extraction. Genomic DNA was extracted using the PowerWater® DNA isolation kit (MO-BIO Laboratories Inc, Carlsbad CA, USA) following the instructions provided by the manufacturer. The V3-V4 regions of bacterial 16S rRNA genes were PCR amplified with primers 341F (CCTACGGGNGGCWGCAG) and 805R (GACTACHVGGGTATCTAATCC) (Herlemann et al., 2011). A two step PCR procedure was applied (Hugerth et al., 2014a), with 35 (25 + 10) PCR cycles. Between the first and second PCR, and prior to pooling libraries, amplicons were purified with 8.8% PEG 6000 (Polyethylene Glycol 6000) (Merck Millipore co., Cat. No. 528877-1KG) precipitation buffer and CA beads (carboxylic acid-coated superparamagnetic beads) (Dynabeads® MyOne™ Carboxylic Acid, Cat. No. 65012; Lundin et al., 2010). Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent, Technologies, DNA 1000 LabChip kit) and Qubit® 2.0 Fluorometer (Invitrogen, Qubit-IT™ dsDNA HS Assay kit) were used for checking the amplicon fragment sizes and quantification. Equimolar amounts of indexed samples were mixed and sequenced with Illumina MiSeq (Illumina Inc, USA) at NGI/Scilifelab Stockholm. The sequencing reads have been submitted to the European Nucleotide Archive (ENA) under accession numbers PRJEB12362. Sequence processing was not conducted as in the journal publication, but by using the https://nf-co.re/ampliseq pipeline in which the denoising (ASV reconstruction) step was conducted with DADA2.

Description des étapes de la méthode:

1. See Sampling Description.

Citations bibliographiques

1. Yue O O Hu, Bengt Karlson, Sophie Charvet, Anders F Andersson. Diversity of Pico- to Mesoplankton along the 2000 km Salinity Gradient of the Baltic Sea. Front Microbiol. 2016 May 12;7:679. https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00679

Métadonnées additionnelles